3 марта 1961 года в Троицком соборе Троице-Сергиевой лавры протоиерей Алексий Ридигер принял монашеский постриг. Вскоре постановлением Священного Синода от 14 августа 1961 года иеромонаху Алексию было определено стать епископом Таллинским и Эстонским с поручением временного управления Рижской епархией.

21 августа 1961 года иеромонах Алексий был возведен в сан архимандрита. Это было нелегкое время — разгар хрущевских гонений. Советский вождь, пытаясь реанимировать революционный дух двадцатых годов, требовал буквального исполнения антирелигиозного законодательства 1929 года. Казалось, вернулись довоенные времена с их «пятилеткой безбожия». Правда, новое гонение на Православие кровавым не было — служителей Церкви и православных мирян не истребляли, как прежде, но газеты, радио и телевидение извергали потоки хулы и клеветы на веру и Церковь, а власти и «общественность» травили и преследовали христиан. По всей стране шло массовое закрытие храмов. Резко сократилось и без того малое число духовных учебных заведений.

В феврале 1960 года Святейший Патриарх Алексий I в своем выступлении на конференции советской общественности за разоружение через головы собравшихся в Кремле обратился к миллионам православных христиан. Призывая их к стойкости перед лицом новых гонений, Святейший Патриарх сказал: «В таком положении Церкви есть и много утешительного для верных ее членов, ибо что могут значить все усилия человеческого разума против христианства, если двухтысячелетняя история его говорит сама за себя, если враждебные против него выпады предвидел Сам Христос и дал обетование непоколебимости Церкви, сказав, что "врата адовы не одолеют Ее!"».

В те трудные для Русской Церкви годы покидало этот мир старшее поколение епископов, начинавших свое служение в дореволюционной России, — исповедники, прошедшие Соловки и адские круги ГУЛАГа, архипастыри, уходившие в зарубежное изгнание и вернувшиеся на родину после войны... На смену им пришла плеяда молодых епископов, среди которых был и епископ Таллинский Алексий. Епископы эти, не видевшие Русскую Церковь в могуществе и славе, избрали путь служения Церкви гонимой, находившейся под гнетом безбожного государства. Власть изобретала все новые способы экономического и полицейского давления на Церковь, но неодолимой крепостью стала для нее верность православных Христовой заповеди: «Ищите же прежде Царствия Божия и правды Его» (Мф. 6:33).

14 ноября 1961 года епископ Алексий назначен заместителем председателя Отдела внешних церковных сношений Московского Патриархата. Уже в самом начале своего архиерейского служения молодой епископ столкнулся с решением местной власти о закрытии и передаче под дом отдыха Пюхтицкого Успенского монастыря. Однако ему удалось убедить советское начальство в невозможности для епископа начинать служение с закрытия обители. В начале 1962 года, будучи уже заместителем председателя ОВЦС, епископ Алексий привез в монастырь делегацию Евангелической Церкви Германии. В то время его отец лежал с инфарктом, но епископ должен был сопровождать иностранных гостей — ведь речь шла о спасении обители. Вскоре появились восторженные отзывы о Пюхтицком монастыре в газете Neue Zeit. Потом была еще одна делегация, третья, четвертая, пятая... И вопрос о закрытии обители был снят.

Вспоминая те годы, Святейший Патриарх Алексий говорит: «Одному Богу известно, сколько каждому из священнослужителей, оставшихся в Советской России, а не уехавших за рубеж, пришлось пережить... Мне довелось начать свое церковное служение в то время, когда за веру уже не расстреливали, но сколько пришлось пережить, отстаивая интересы Церкви, будут судить Бог и история». За 25 лет епископского служения Владыки Алексия в Эстонии ему с Божией помощью многое удалось отстоять. Но тогда враг был известен — он был один. И у Церкви находились способы внутреннего противостояния ему.

Вступив на Патриарший престол, Святейший Владыка столкнулся с совершенно иной ситуацией: у Церкви в современном сложном мире, с его социальными, политическими и национальными проблемами, оказалось множество новых врагов. 23 июня 1964 года епископ Алексий был возведен в сан архиепископа и в конце 1964 года назначен Управляющим делами Московской Патриархии и становится постоянным членом Священного Синода.

Святейший Патриарх вспоминает: «В течение девяти лет я был близок к Святейшему Патриарху Алексию I, личность которого оставила в моей душе глубокий след. В то время я занимал пост Управляющего делами Московской Патриархии, и Святейший Патриарх полностью доверял мне решение многих внутренних вопросов. На его долю выпали тяжелейшие испытания: революция, гонения, репрессии, потом, при Хрущеве, новые административные гонения и закрытие храмов. Скромность Святейшего Патриарха Алексия, его благородство, высокая духовность — все это оказывало на меня огромное влияние. Последнее богослужение, которое он совершил незадолго до своей кончины, было в 1970 году на Сретение.

В Патриаршей резиденции в Чистом переулке после его отъезда осталось Евангелие, раскрытое на словах: "Ныне отпущаеши раба Твоего, Владыко, по глаголу Твоему с миром