Возрождать церковную жизнь уже во всероссийском масштабе предстояло будущему Первосвятителю в его Патриаршем служении.

3 мая 1990 года почил о Господе Святейший Патриарх Московский и всея Руси Пимен. Для избрания нового Предстоятеля Русской Православной Церкви был созван внеочередной Поместный Собор. 7 июня 1990 года колокол Троице-Сергиевой лавры возвестил об избрании пятнадцатого Всероссийского Патриарха. Интронизация Святейшего Патриарха Алексия состоялась 10 июня 1990 года в Богоявленском кафедральном соборе Москвы.

Возвращение Церкви к широкому общественному служению — во многом заслуга Святейшего Патриарха Алексия II. Одно за другим следовали события воистину промыслительные: обретение мощей преподобного Серафима Саровского, торжественный перенос их в Дивеево, когда по предсказанию святого среди лета запели Пасху; обретение мощей святителя Иоасафа Белгородского и возвращение их в Белгород, обретение мощей Святейшего Патриарха Тихона и торжественное перенесение их в Большой собор Донского монастыря, обретение в Троице-Сергиевой лавре мощей святителя Московского Филарета и преподобного Максима Грека, обретение нетленных мощей преподобного Александра Свирского.

Эти чудесные обретения свидетельствуют о том, что начался новый, удивительный период в жизни нашей Церкви, свидетельствуют о благословении Божием на служение Патриарха Алексия II.

В качестве сопредседателя Святейший Патриарх Алексий вошел в Российский организационный комитет по подготовке к встрече третьего тысячелетия и празднованию двухтысячелетия христианства (1998-2000). По инициативе и при участии Святейшего Патриарха состоялась межконфессиональная конференция «Христианская вера и человеческая вражда» (Москва, 1994). Святейший Патриарх председательствовал на конференции Христианского межконфессионального консультативного комитета «"Иисус Христос вчера и сегодня и вовеки Тот же" (Евр. 13:8). Христианство на пороге третьего тысячелетия» (1999); Межрелигиозном миротворческом форуме (Москва, 2000).

Святейший Патриарх Алексий является председателем Патриаршей Синодальной Библейской комиссии, главным редактором «Православной энциклопедии» и председателем Наблюдательного и Церковно-научного советов по изданию «Православной энциклопедии», председателем Попечительского совета Российского благотворительного фонда примирения и согласия, возглавляет Попечительский совет Национального военного фонда.

За годы своего архиерейского служения в сане митрополита и Патриарха Алексий II посетил многие епархии Русской Православной Церкви и страны мира, был участником множества церковных событий. В церковной и светской печати в России и за рубежом опубликовано несколько сотен его статей, выступлений и работ на богословские, церковно-исторические, миротворческие и другие темы. Святейший Патриарх Алексий возглавлял Архиерейские Соборы 1992, 1994, 1997, 2000 и 2004 годов, неизменно председательствует на заседаниях Священного Синода.

Как Патриарх Всероссийский он посетил 81 епархию, многие по несколько раз — всего совершил более 120 поездок в епархии, целями которых прежде всего являлись пастырское попечение об отдаленных общинах, укрепление церковного единства и свидетельства Церкви в обществе.

За время архиерейского служения Святейший Патриарх Алексий возглавил 83 архиерейских хиротонии (из них 70 после избрания на Всероссийскую кафедру), рукоположил в священный сан более 400 иереев и почти столько же диаконов. Большое внимание Святейший Патриарх Алексий уделяет подготовке кадров священнослужителей для Русской Православной Церкви, религиозному образованию мирян и духовно-нравственному воспитанию юного поколения. С этой целью по благословению Его Святейшества открываются духовные семинарии, духовные училища, церковноприходские школы; создаются структуры для развития религиозного образования и катехизации. В 1995 году устроение церковной жизни позволило подойти к воссозданию миссионерской структуры.

Его Святейшество уделяет большое внимание установлению в России новых взаимоотношений между государством и Церковью. При этом он убежденно придерживается принципа разделения между миссией Церкви и функциями государства, невмешательства во внутренние дела друг друга. В то же время он считает, что душеспасительное служение Церкви и служение государства обществу требуют обоюдно свободного взаимодействия между церковными, государственными и общественными институтами.

После многолетних гонений и ограничений Церкви была возвращена возможность проводить не только катехизаторскую, религиозно-образовательную и воспитательную деятельность в обществе, но и осуществлять благотворительность по отношению к малоимущим и служение милосердия в больницах, домах престарелых и местах заключения.

Пастырский подход Святейшего Патриарха Алексия снимает напряженность между учреждениями государственной системы сохранения памятников культуры и Церковью, что вызывается неоправданными опасениями, узко корпоративными или личными интересами. Его Святейшество подписал ряд совместных документов с Министерством культуры Российской Федерации и руководством отдельных музейных комплексов, находящихся на территории церковно-исторически и духовно значимых монастырей, которые разрешают названные проблемы и дают монастырям новую жизнь.

Святейший Патриарх Алексий призывает к тесному сотрудничеству между представителями всех областей светской и церковной культуры. Он постоянно напоминает о необходимости возрождения нравственности и духовной культуры, преодоления искусственных преград между светской и религиозной культурой, светской наукой и религией.

Ряд подписанных Его Святейшеством совместных документов заложил основы для развития сотрудничества Церкви с системами здравоохранения и социального обеспечения, Вооруженными Силами, правоохранительными учреждениями, органами юстиции, учреждениями культуры и другими государственными структурами. По благословению Святейшего Патриарха Алексия II создана стройная церковная система окормления военнослужащих и сотрудников правоохранительных органов.

В ходе политических, социальных и экономических реформ Святейший Патриарх Алексий II постоянно напоминает о приоритете нравственных целей перед всеми иными, о преимуществе служения благу общества и конкретного человека в политической и экономической деятельности.

Продолжая традицию христианского миротворческого служения, в период общественно-политического кризиса в России осенью 1993 года, чреватого угрозой гражданской войны, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II принял на себя миссию умирения политических страстей, пригласив к переговорам находящиеся в конфликте стороны и посредничая на этих переговорах.

Патриарх выступал со многими миротворческими инициативами в связи с конфликтами на Балканах, армяно-азербайджанским противостоянием, боевыми действиями в Молдавии, событиями на Северном Кавказе, ситуацией на Ближнем Востоке, военной операцией против Ирака и так далее.

За время Патриаршего служения нынешнего Предстоятеля Русской Православной Церкви было образовано большое число новых епархий. Таким образом возникло множество центров духовного и церковно-административного руководства, расположенных ближе к приходам и содействующих оживлению церковной жизни в отдаленных регионах.

Будучи правящим епископом города Москвы, Святейший Патриарх Алексий II уделяет очень много внимания возрождению и развитию внутриепархиальной и приходской жизни. Эти труды во многом стали моделью для устроения епархиальной и приходской жизни в других местах. Наряду с неустанным внутрицерковным устройством, в котором он постоянно призывает более активно и ответственно участвовать всех без исключения членов Церкви на подлинно соборных началах, Предстоятель Русской Православной Церкви уделяет большое внимание вопросам братского взаимодействия всех Православных Церквей для совместного свидетельствования Истины Христовой миру.

Сотрудничество между различными христианскими конфессиями ради нужд современного мира Святейший Патриарх Алексий считает христианским долгом и путем к исполнению Христовой заповеди о единстве. Мир и согласие в обществе, к которым неустанно призывает Патриарх Алексий, обязательно включают в себя благожелательное взаимопонимание и сотрудничество между приверженцами различных религий и мировоззрений.