С раннего детства Алексей Ридигер прислуживал в церкви. Его духовным отцом был протоиерей Иоанн Богоявленский, впоследствии епископ Таллинский и Эстонский Исидор (+1949). С пятнадцати лет Алексий был иподиаконом у архиепископа Таллинского и Эстонского Павла (Дмитровского; +1946), а затем и у епископа Исидора. Учился в русской средней школе в Таллине.

Святейший Патриарх вспоминает, что у него всегда была пятерка по Закону Божию. Семья была его крепостью и опорой и при выборе пути, и на протяжении всего священнического служения. Не только узы родства, но и узы душевной дружбы связывали его с родителями, все переживания они делили друг с другом...

В 1936 году таллинский Александро-Невский собор, прихожанами которого были родители будущего Первосвятителя, передали эстонскому приходу. История этого храма многострадальна: сразу же после провозглашения Эстонской республики в 1918 году началась кампания по ликвидации собора — собирали деньги «на снос церквей с русскими золотыми луковицами и будок русских Богов» (православных часовен) даже в школах у детей.

Но против разрушения собора выступила общественность, русская и международная, а также Красный Крест. Потом поднялась новая волна: снести купола Александро-Невского собора, поставить шпиль и создать там «пантеон эстонской независимости». В архитектурном журнале были опубликованы иллюстрации: вид города без «русских луковиц», но с «пантеоном эстонской независимости».

Эти иллюстрации сохранились у будущего Святейшего Патриарха Алексия и в свое время пригодились для спасения собора, когда власти уже советской Эстонии вознамерились переделать храм в планетарий (демонстрация намерений буржуазной власти относительно использования собора обескуражила советских правителей).

В 1936 году с куполов сняли позолоту. В таком виде собор просуществовал до войны. В 1945 году иподиакону Алексию было поручено подготовить к открытию Александро-Невский собор города Таллина для возобновления в нем богослужений (собор в военное оккупационное время был закрыт).

С мая 1945 по октябрь 1946 года он был алтарником и ризничим собора. С 1946 года служил псаломщиком в Симеоновской, а с 1947 года — в Казанской церквях Таллина. В 1946 году Алексий Ридигер сдал экзамены в Петербургскую (Ленинградскую) духовную семинарию, но не был принят, поскольку ему в то время еще не исполнилось восемнадцати лет.

В следующем, 1947 году он был зачислен сразу на 3-й курс семинарии, которую окончил по первому разряду в 1949 году. Будучи на первом курсе Петербургской духовной академии, 15 апреля 1950 года он был рукоположен во диакона, а 17 апреля 1950 года — во священника и назначен настоятелем Богоявленской церкви города Йыхви (Johvi) Таллинской епархии.

Три с лишним года он совмещал служение приходского священника с заочной учебой в академии. В 1953 году отец Алексий окончил духовную академию по первому разряду и был удостоен степени кандидата богословия за курсовое сочинение «Митрополит Московский Филарет (Дроздов) как догматист».

15 июля 1957 года отец Алексий был назначен настоятелем Успенского собора города Тарту (Юрьев) и в течение года совмещал служение в двух храмах. В Тарту он прослужил четыре года.

Тарту — университетский город, затихающий в летнее время и оживленный зимой, когда приезжают студенты. Святейший Патриарх сохранил добрую память о старой юрьевской университетской интеллигенции, которая активно участвовала в церковной жизни. Это была живая связь со старой Россией. 17 августа 1958 года отец Алексий был возведен в сан протоиерея.

В 1959 году в праздник Преображения Господня умерла мать Святейшего Патриарха. Ей в жизни выпал трудный крест — быть женой и матерью священника в атеистическом государстве. Надежным прибежищем и утешением была молитва — каждый день Елена Иосифовна читала акафист перед иконой Божией Матери «Всех скорбящих Радость». Отпевали матушку Елену Иосифовну в Тарту, а похоронили в Таллине, на Александро-Невском кладбище — месте упокоения нескольких поколений ее предков. Отец с сыном остались вдвоем.